Området hvor Rwanda ligger har været beboet af mennesker helt tilbage til efter den sidste istid. Betegnelserne tutsi, hutu og twa anvendtes oprindeligt om grupperinger med flydende overgang. Der var snarere tale om stande eller klasser, end om etnicitet.
I den sene middelalder var området delt i en række små kongedømmer, for at blive samlet i det 19-århundrede til et fælles kongedømme af Mwami I Rwabugiri (Mwami = konge på rwandisk). Staten blev centraliseret og blev en velorganiseret institution, hvor kongen havde udstukket strenge retningslinjer for de forskellige ledere og mellemledere. Under Rwabugiri blev betegnelserne for hutu og tutsi mere statiske, samtidigt med at de fleste ledere var tutsier; de første frø til de senere spændinger mellem grupper i befolkningen var dermed sået.
Da Rwabugiris søn, Rutarindwa, arvede tronen efter sin far i 1894 opstod der uroligheder i kongeriget. Hele den kongelige familie blev slået ihjel af oprørere og Yuhi Musinga blev i 1896 konge. Det tog mange år for den nye konge at få kontrol over hele området, og i den militære kamp, som det krævede, allierede kongen sig med Tyskland. Det blev den koloniale tids begyndelse, som kom til at vare fra 1889 til 1962. Først oplevede Rwanda en periode som tysk koloni (1884-1916), og derefter som belgisk (1916-1962).
Med kolonisterne kom katolske missionærer til Rwanda. Med sig havde de racistiske teorier fra Europa, som gik ud fra etnisk renhed og “et naturligt hierarki” mellem racerne – teorier, som de reproducerede og tilpassede den rwandiske befolkning. Missionærerne tildelte tutsierne egenskaber, som gjorde dem racemæssigt overlegen, mens hutuerne var under tutsierne og twa befolkningen blev set som de mest tilbagestående. Missionærerne var ligeledes ansvarligt for koloniens skoler, som på systematisk vis overførte koloniherredømmets værdier til de nye generationer af rwandere.
Men forskellene mellem grupperne var vilkårlige og ubegrundede. Hutuer og tutsier delte både sprog, religion, land og udseende, selvom noget andet ofte bliver hævdet i forhold til udseendet, og oprindeligt forekom det ofte at befolkningen giftede sig på tværs af grupperne.
Med den Belgiske kolonimagt blev det sociale system i området yderligere skærpet. Belgierne befæstede inddelingen i de tre grupper – tutsier, hutuer og twa og den sidste fleksibilitet ophørte. Belgierne noterede folks “tilhørsforhold” til grupperne på deres identitetspapirer, og de tre grupper fik forskellige privilegier. Splittelsen mellem de tre grupperinger var dermed institutionaliseret.
Tutsierne, som var en minoritet i Rwanda, profiterede af opdelingen. De fik papir på, hvad der i hele kolonitiden var blevet prædiket, at være “naturligt overlegne” Tutsi-befolkningen blev tildelt ledende poster og blev til belgiernes kolonibestyrere. Omvendt forholdt det sig med hutuerne. De udgjorde den største “befolkningsgruppe” i landet. De blev behandlet som en lavere klasse og blev betragtet som en fjendtlig race af tutsierne. Tutsierne blev dæmoniseret som en fremmed magt, af hutu-befolkningen, og blev ligestillet med de kolonister, der havde magten i deres land. Der gik ikke lang tid inden begge grupper var overbeviste om, at de var to fundamentalt forskellige etniciteter.
Efter 2. verdenskrig var slut, krævede flere afrikanske lande deres uafhængighed fra kolonimagterne. Derunder også Rwanda. Da Rwanda opnåede sin selvstændighed i 1962, havde en aggressiv stemning mod tutsierne allerede spredt sig, og der havde fundet flere overgreb på tutsier sted. I tidsrummet mellem 1959 og 1967 blev ca. 20.000 tutsi dræbt og forfølgelserne bevirkede at 300.000 tutsier flygtede til nabolandene Burundi, Congo og Uganda. Det første frie valg gav flertal til hutuerne i regeringen og Grégorire Kayibanda blev i 1962 valgt til præsident. Kayibanda var fortaler for propagandaen mod tutsierne og var ikke bange for at udnytte situationen politisk for at samle hutuerne under sig. Paradoksalt nok, var situationen modsat i nabolandet Burundi, som ligeledes havde været en belgisk koloni. Her havde tutsierne efter uafhængigheden beholdt magten og regerede over hutuerne. Det fik konsekvenser for Rwanda, da der i 1972 blev begået et pogrom på højtuddannede hutuer af tutsi-regeringen i Burundi. Dette førte til en flygtningebølge fra Burundi til Rwanda af forfulgte hutuer, og de tilstrømmende hutuer bidrog til at stemningen i Rwanda opildnes yderligere.
Kayibandas regeringsperiode ophørte. da han blev styrtet af general Juvénal Habyiyarimana i 1973, efter et ikke-blodigt militærkup, der fulgte i farvandet på hutu-overgrebet i Burundi i 1972. Juvénal Habyiyarimana overtog præsidentposten, og i de næste 17 år oplevede landet en forholdsvis rolig periode med færre etniske overgreb. Tutsier blev dog fortsat diskrimineret: de spillede en mindre rolle inden for politik, de havde dårligere uddannelsesmuligheder, da kun 10 % af de unge, der fik en uddannelse efter grundskolen “måtte” være tutsi, og de var stort set fraværende i den offentlige sektor og i militæret. Men i den private sektor oplevede mange tutsier at have fin succes med deres forretninger. Mistilliden mod tutsierne verserede dog stadig, og de blev jævnligt kaldt øgenavne.