I Bosnien-Hercegovina, som siden 1945 var en af de seks jugoslaviske delrepublikker, opstod der konflikter mellem tre religiøse grupper – de ortodokse serbere, de katolske kroater og de muslimske bosniere (kaldet bosniakker). Til at starte med blev bosniakkerne angrebet, først af serbere, som ville have et rent serbisk område og derefter af kroater, som ønskede et rent kroatisk område. Aggressionen mod bosniakkerne bevirkede, at alle tre grupper til sidst ønskede at have deres egne landområder. Derfor ville de hver især fordrive de andre gruppers befolkninger fra deres landområde, og dette var forenklet sagt krigens væsentligste formål.
Krigen i Bosnien
Krigen i selve Bosnien-Hercegovina varede fra 6. april 1992 (da EU-landene anerkendte Bosnien-Hercegovina som uafhængig stat) til november 1995, da en fredsaftale blev underskrevet i Dayton i Ohio, USA for hele det eksjugoslaviske område. Krigen kom til at koste ca. 250.000 mennesker livet.
I Mostar, som er hovedstaden i Hercegovina, er indbyggertallet næsten halveret siden krigens start. Dengang boede der 80.000 indbyggere i Mostar, og der var stort set lige mange kroater og bosniakker og lidt færre serbere. De tre befolkningsgrupper levede som naboer. I dag er der fortsat næsten lige mange kroater og bosniakker, mens der kun er ca. 3 % serbere tilbage, men til forskel fra tidligere, så er byens befolkning i dag delt op i en bosniakisk og en kroatisk del. Opdelingen er en direkte konsekvens af krigen.
I 1991, året inden krigen brød ud, blev der gennemført en folketælling i Bosnien-Hercegovina. Dengang var der ca. 4,4 millioner indbyggere i området. Under krigen måtte mere end to millioner mennesker, primært bosniere med muslimsk baggrund (bosniakker), forlade deres hjem; ca. 1,2 millioner flygtede, blandt andet til vesteuropæiske lande som fx Danmark og de omkringliggende delrepublikker eller nabolande, mens ca. 1,3 millioner blev fordrevet internt i området. I Danmark fik ca. 20.000 bosniske flygtninge i starten af 1990’erne politisk asyl, og efter krigen sluttede i december 1995 vendte knap 10 % af dem tilbage. Sammenlagt er ca. 400.000 af de bosniere, der flygtede ud af landet, vendt hjem til Bosnien-Hercegovina.